2002年，健力宝集团获得了深圳足球俱乐部的控制权，该俱乐部因此更名为深圳健力宝足球队。得益于健力宝的资助，球队的整体水平显著提升，囊括了李玮锋、李毅、郑智、杨晨等多位国家队成员。此外，还有不少拥有国际比赛经验的外籍球员和本土优秀选手，这些因素使得球队在球迷中赢得了“皇家健力宝”的美誉。2004年，朱广沪执掌深圳健力宝队期间，该队赢得了首届中超联赛的冠军头衔，紧接着在2005年亚洲冠军联赛中成功晋级四强阶段。
不过，自2004年5月开始，俱乐部出现支付球员薪水与奖金滞后的状况，健力宝公司内部的权力纷争也渐渐显露出来。到了2005年，汇中天恒掌控了深圳足球，不过因为彼此之间缺少沟通和信赖，队伍一直不稳定，表现也急剧变差。从那以后，深圳足球队陷入频繁更换老板的时期，队标每年都不同，比赛结果也越来越不好。
二零一一年，深足最终掉入低级别联赛，后来尽管聘请过几位声名显赫的教头，队伍却始终没能再次回到顶级联赛，并且经常曝出拖欠球员薪水的情况。二零二四年一月二十二日，深足俱乐部正式宣告停办，为它将近三十年的发展历程画上了句号。